Bunne ligt ten westen van Eelde en vlakbij Winde. Winde en Bunne worden gescheiden door het Eelderdiep, dat ook wel Bunner Diepje wordt genoemd.
Ten westen van het dorp lag vroeger het uitgestrekte Bunnerveen en te zuiden van het dorp ligt de Bunneres. Dit gebied bestaat gedeeltelijk uit bouwland en veeteeltgebied, maar ook uit natuurgebied. In dit natuurgebeid liggen drie vennen, te weten Langwandveen, Holtveen en Langakkersveen.
Tot 1998 hoorde het dorpje bij de gemeente Vries.